貯藏的核桃必須經過烘烤或日曬，要求達到一定干燥程序。果實中水分含量過高，在貯藏過程中酶的活性增強，呼吸和代謝作用旺盛，溫度自然升高，養分消耗快并導致酸敗和霉爛。

但是，核桃的烘烤或日曬也不可過度。烘烤溫度過高和日曬時間過長，會導致出油，降低品質。一般情況下只要含水量不超過7%即可進行貯藏。

由于核桃仁中脂肪含量比較高，在貯藏過程中較易發生氧化酸敗，引起品質下降。堅果食品衛生標準(GB 16326—2005)規定，核桃仁的酸價(以脂肪計算)≤4mg(氫氧化鉀)/克，過氧化值(以脂肪計算)≤0.08g/100g。因此，根據貯藏時間的長短和數量的多少選擇適宜的條件進行貯藏非常重要。

貯藏方法隨貯藏量與貯藏時間而異。若貯藏數量不大，而時間要求較長的，可采用聚乙烯袋包裝，在冰箱內0-5℃條件下，貯藏2年以上品質仍然良好；如果貯藏時間不超過次年夏季的，則可用尼龍網袋或布袋裝好進行室內藏。

數量較大的，用麻袋或筐簍，或堆放在干燥的地上貯藏。對于數量較多、貯藏時間較長的，用麻袋包裝，放于冷庫中進行低溫貯藏，其堆放高度最好不超過2米。避免搬放時在麻袋上有人來回走動踏碎核桃，這對于薄殼類品種的貯藏尤為重要。

核桃也可以采用塑料薄膜密封貯藏。秋季果實入庫后，在北方因冬季氣溫低、雨水少、空氣干燥，干果不密封也不致造成核桃變質，到次年2月下旬氣溫開始回升之前再密封保存。

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